國家海洋局第三海洋研究所（簡稱海洋三所），創建于1959年, 隸屬于國家海洋局，為國家公益類綜合型海洋科學研究機構。主要從事海洋生物、化學、地質、動力、遙感、聲學、環境與生態、極地與深海科學、全球變化科學等學科的研究與應用。

截至2017年12月，海洋三所有在職職工450余人，其中，中國工程院院士1人，享受政府特殊津貼專家18人，入選國家“百千萬人才工程”2人，入選福建省“百千萬人才工程”4人，廈門市拔尖人才4人，副高級職稱以上人員160余人，具有博士學位人員160余人；是國務院學位委員會批準的碩士學位授予單位，擁有6個碩士學位授予點，并與清華大學、中國科技大學等高校聯合招收博士研究生，并建有博士后科研工作站，先后與美、德、法、日等30多個國家以及我國臺灣、香港等地區的有關機構建立了交流與合作關系。出版中國自然科學核心期刊《應用海洋學學報》。
海洋三所擁有4大研究領域，16個研究方向，12個研究部門（含2個國家海洋局重點實驗室），以及面向服務經濟社會建設為主的國家海洋生物資源綜合用工程技術研究中心、廈門海洋工程勘察設計研究院等。目前，海洋三所正在積極籌建漳州科技興海基地、北海基地等機構。海洋三所在海洋生物技術與資源開發、海洋-大氣化學與全球變化研究、海洋生態系統與環境保護、臺灣海峽與熱帶邊緣海應用海洋學等主要領域的研究獨具特色，居國內先進水平。由我所新建的、國內最先進的4500噸級海洋綜合科學考察船“向陽紅03”船自2016年3月建成并投入使用以來，建立了整套的管理制度及運行管理人員，至今已圓滿完成了多個綜合調查航次任務。

海洋三所持有《質量管理體系認證證書》、《資質認定計量認證證書》，《建設項目環境影響評價資質證書》（甲級）、《海域使用論證資質證書》（甲級）、《工程勘察證書（海洋工程勘察綜合類）》（甲級）、《工程咨詢證書（生態建設和環境工程）》（乙級）、《工程咨詢證書（港口河海工程》（乙級）、《地質勘查資質證書（海洋地質調查）》（乙級）、《地質勘查資質證書（固體礦產勘查）》（乙級）、《測繪資質證書》（甲級）等各類技術服務資質證書。